Avec la mort de Barbe Blanche et d'Ace, la victoire officielle est donc celle de la Marine. Déjà, la suite se prépare : elle doit tenir secret l'insurrection d'Impel Down, notamment le fait que Barbe Noire a libéré des prisonniers du 6^e sous-sol pour constituer son équipage. Luffy est entre la vie et la mort, protégé par le statut de Corsaire de Boa Hancock, qui le ramène avec l'équipage de Trafalgar Law, les prisonniers d'Impel Down et Jinbei sur l'île des Amazones le temps qu'il guérisse.

Enfin réveillé, Luffy se déchaîne et détruit tout ce qui lui passe sous la main, malgré son état de blessé grave. Lorsque Jinbei arrive sur les lieux, à la demande de Luffy, il lui confirme la mort d'Ace. C'est alors avec d'énormes sanglots qu'il se remémore sa première rencontre avec Dadan et, notamment, Portgas D. Ace, avec qui ils se détestaient dès le départ et qui deviendra pourtant son "frère", un passé sur lequel Luffy prendra conscience de sa faiblesse.

Voyant que Luffy n'est toujours pas calmé, Jinbei le raisonne en lui disant que même si le deuil est une période très difficile, la vie continue et offre encore beaucoup de choses, bonnes ou mauvaises. Luffy réalise alors qu'il veut à tout prix revoir ses compagnons au plus vite, sauf que chacun d'eux a ses problèmes sur son île respective.

Luffy décide donc de lancer un message au monde et à son équipage : il se rend sur la place où a eu lieu l'affrontement, fait sonner la cloche 16 fois et se recueille en l'honneur de son frère ainsi que de toutes les pertes humaines, où il est pris en photo. Toutefois, la prise de vue cache un autre message : un tatouage sur son bras indiquant que le moment de leur retrouvailles n'aura pas lieu trois jours après, comme prévu, mais dans deux ans. Tous reçoivent le message et choisissent, comme Luffy, de rester sur leur île pour s'entraîner et se surpasser. Luffy part donc sur une des îles les plus hostiles de Calm Belt avec Rayleigh pour apprendre à maîtriser le Haki.

Durant ces deux ans, Zorro reçoit l'entrainement de Mihawk "Œil de faucon". Pipo reçoit l'entrainement de Heracles. Nami étudie la météorologie du Nouveau Monde sur une île céleste, ainsi que de nouvelles technologies liées à la météo. Sanjy affronte les maîtres Okamas (travestis) dans le but d'apprendre de nouvelles recettes à Okama Land. Chopper étudie de nouvelles médecines. Robin prend contact avec Dragon et les révolutionnaires. Franky étudie les technologies du Docteur Vegapunk sur l'île natale de ce dernier. Brook devient une star musicale à l'échelle mondiale, il entame alors une tournée dont le concert final se déroulera sur l'archipel Shabondy.