Il ne reste plus que trois heures avant l'exécution de Portgas D. Ace par la Marine. Monkey D. Luffy, accompagné des évadés d'Impel Down (Jinbei, Crocodile, Ivankov, Baggy le clown ...) vogue vers Marine Ford pour le sauver.

Au même moment, sur la plate-forme où aura lieu l'exécution, Sengoku, le chef de la Marine, fait une annonce, retransmise par escargophones visuels à l'Archipel Sabaody : Ace sera exécuté pour être le fils de Gol D. Roger, le Seigneur des Pirates, et pour être le Commandant de la seconde division de Barbe Blanche, le plus puissant des pirates naviguant actuellement à travers les mers.

Juste après cette annonce, 43 navires pirates alliés à Barbe Blanche apparaissent à l'horizon, suivis quelques instants après par celui-ci avec 4 de ses navires, dont le Moby Dick. Afin de faire une entrée en plein milieu de la baie, tous ses navires ont navigué jusque là sous la mer.

Barbe Blanche révèle devant Marine Ford ses pouvoirs : il a mangé le fruit des séismes (Gura Gura) et peut engendrer des ondes de choc dévastatrices. Il utilise son fruit du démon sur la mer pour créer deux gigantesques tsunamis qui se dirige vers les forces de la Marine. L'Amiral Aokiji quitte son siège au bas de l'échafaud pour geler les vagues, hautes de dizaines de mètres, ainsi que l'ensemble de la baie du Quartier Général. Il en profite pour envoyer contre Barbe Blanche des lances de glace qui se brisent sous l'effet du pouvoir de tremblement. Le Capitaine Corsaire Mihawk intervient à son tour pour tester la force de l'Empereur et lui envoie une grande attaque tranchante que Joz, le Commandant de la 3^e division, parvient à stopper en transformant son corps en diamant. L'Amiral Kizaru quitte à son tour son siège sous la plate-forme d'exécution pour lancer des vagues successives et extrêmement rapides de lasers que Marco, le Commandant de la 1^e division, bloque avec son pouvoir de Phénix en tournoyant sur lui-même dans les airs.

La Marine et les pirates entament alors des vagues d'attaque et de contre-attaque, dévoilant progressivement des pouvoirs du démon : un Commandant de Barbe Blanche peut ranger des objets dans son corps, la Vice-Amirale Tsuru est capable de lessiver et d'étendre des pirates, le Vice-Amiral Onigumo peut se transformer en Araignée et un autre Vice-Amiral en Dalmatien.

Oars, le descendant d'Oz, décide de charger les défenses de Marine Ford : il réussit à se frayer un chemin parmi les marines, parvient à vaincre le Vice-Amiral géant Lacroix et se rapproche dangereusement de la plate-forme d'exécution. Les marines répondent par une concentration de tirs de canon et de fusils sur son immense corps pour tenter de l'arrêter. Les Capitaines Corsaires décident alors d'intervenir et de mettre rapidement fin à l'élan d'Oars : Kuma stoppe sa course avec le Choc de l'Ours, Doflamingo lui tranche alors la jambe droite et enfin Moria le transperce avec une lance d'ombre. Oars s'effondre alors à quelques pas d'Ace.

Au milieu du combat, Luffy et ses compagnons d'évasion font leur apparition par la voie aérienne, après que leur navire, situé au sommet d'une des vagues gelées par Aokiji, a basculé dans le vide. Luffy se retrouve aux côtés de Barbe Blanche, et le prévient que la Marine prévoit d'avancer l'exécution d'Ace. Barbe Blanche le remercie pour l'information, et demande à Marco de veiller à ce que Luffy ne meure pas pendant la bataille.

Au cœur de cette bataille, Luffy se fait notamment attaquer par Smoker, Contre-Amiral de la Marine originaire de Logue Town qui l'a pourchassé à Alabasta, royaume de Nefertari Vivi. Boa Hancock intervient pour protéger son bien aimé, et en profite pour lui donner la clef des menottes d'Ace. Luffy, qui continue sa progression, se retrouve face à Mihawk Œil de Faucon, un des Capitaines Corsaires. Pour se protéger des attaques dévastatrices du bretteur, Luffy utilise Baggy, qui se fait découper (il ne craint pas les lames puisqu'il a mangé le fruit de la fragmentation (Bara Bara no mi)). Puis, Marco demande à Vista, Commandant de la 5^e division et excellent bretteur, d'intervenir et de se battre contre Mihawk. Œil de Faucon est alors impressionné par la capacité de Luffy à se faire rapidement des alliés, et cela, même parmi ses ennemis. Selon lui, c'est une grande qualité, qui rend Luffy extrêmement dangereux pour le Gouvernement. Au même moment, une armée d'une vingtaine de PX, commandée par Sentomarou, le Capitaine de la division scientifique de la Marine, fait son apparition par la mer, pour prendre à revers les rebelles.

Une poignée de rebelles a dérobé un escargophone visuel, et empêche donc la Marine de couper la retransmission de la bataille, ce qui va retarder l'exécution d'Ace. Ils en profitent pour filmer Baggy, afin de le rendre plus célèbre.

Squardo, pirate allié de Barbe Blanche fait son apparition. Il se révèle être un traître, puisqu'il l'attaque par surprise et le transperce avec un large katana. On apprend par la suite qu'il a été manipulé par Akainu. Barbe Blanche lui pardonne, et décide de se lancer lui aussi dans la bataille.

La Marine utilise un stratagème pour encercler et piéger les pirates, avec des murs en métal indestructible (que même Barbe Blanche est incapable de briser). Le seul passage pour pouvoir accéder à la place est l'endroit où s'est écroulé Oars. Akainu en profite pour détruire le Moby Dick, et rend l'eau de la baie bouillante. Sengoku annonce alors que l'exécution d'Ace va commencer.

Luffy, qui souhaite à tout prix sauver son frère, demande une faveur à Jinbei : il se fait propulser par dessus le mur d'enceinte, et se retrouve en face des 3 Amiraux (Akainu, Kizaru et Aokiji), juste sous le peloton d'exécution (au grand damne de Garp, son grand-père). Ces trois-là sont surpris de voir un rookie arriver si loin, mais lui disent qu'il est encore trop jeune pour pouvoir intervenir. Luffy est attaqué par Kizaru puis Aokiji, qui est sur le point de le tuer (il lui enfonce un sabre de glace dans le bras), mais Marco intervient et le sauve. Sengoku demande aux bourreaux d'exécuter Ace, mais Crocodile intervient à son tour, à la surprise générale, et les met hors d'état de nuire en utilisant son pouvoir. Il annonce qu'il préfère se battre contre le Gouvernement plutôt que contre Barbe Blanche, même s'il a une dent contre lui.

Pendant ce temps, Oars se réveille, et Barbe Blanche décide alors d'utiliser sa carte maîtresse : un 5^e navire, que la Marine n'avait pas encore repéré, sort de l'eau. Tous les pirates y grimpent, et Oars le propulse derrière le mur d'enceinte, sur la place de Marine Ford. Barbe Blanche hurle pour exhorter ses troupes. Sengoku dit alors à Garp qu’ils vont devoir également participer à la bataille.

Celle-ci gagne en intensité, et Luffy est attaqué par plusieurs Vice-Amiraux (dont Momonga), et se fait transpercer par un laser de Kizaru. Il se retrouve en piètre état et est incapable de poursuivre le combat. Barbe Blanche ordonne à plusieurs de ses hommes de le soigner et de le protéger.

Barbe Blanche est attaqué par Aokiji qui ne parvient pas à le geler. Il est défendu par Joz, qui va engager le combat contre l'Amiral. Marco décide quant à lui d'aller directement délivrer Ace. Il se transforme alors en phénix et fonce sur lui, mais Garp intervient, à la surprise de tous, et l'en empêche en le frappant violemment au visage avec son poing de l'amour. Tous les protagonistes de cette bataille sont très surpris de voir ainsi intervenir le héros de la Marine.

Le combat commence à tourner en faveur de la Marine : Barbe Blanche est gravement blessé par Akainu, Marco est menotté avec du granit marin par le Vice-Amiral Onigumo et transpercé par les lasers de Kizaru.

Luffy, étant lui aussi incapable de se battre, demande une ultime faveur à Ivankov : il souhaite recevoir une injection d'hormones pour pouvoir reprendre le combat. Celui-ci refuse car lui en administrer davantage pourrait lui être fatal : il a déjà été soigné et remis sur pied à Impel Down après avoir été empoisonné, et n'a pas arrêté de se battre depuis. Mais Luffy insiste, et lui dit qu'il préfère mourir au combat en aidant son frère, plutôt que dans la honte de n'avoir pu se battre pour le sauver. Ivankov s'exécute alors à contre-coeur. Luffy, ayant recouvré ses forces, se met à hurler et fonce de nouveau sur le champ de bataille. Il bat facilement Kobby et est protégé une nouvelle fois par Hancock, alors qu'il était attaqué par un Pacifista. Alors que la situation semble désespérée, et que les bourreaux sont sur le point d'exécuter Ace, Luffy se met alors en colère et relache une énorme quantité de Haki, les faisant s'évanouir, ainsi que tous les membres faibles de la Marine et des pirates. Tous les protagonistes sont choqués par la quantité de Haki que possède Luffy. Sengoku en transpire, Aokiji n'en revient pas, et même Barbe Blanche est complétement abasourdi. On apprend alors que Shanks et Barbe Blanche possède tous les deux le même type de Haki que Luffy. Barbe Blanche demande alors à tous ses hommes d'aider Luffy à avancer sur le champ de bataille, et le protèger. Même Daz Bohness, alias Mr 1, et Crocodile l'aident en se battant contre Mihawk.

Pour accéder plus rapidement à l'échafaud, Ivankov demande à Inazuma de créer un pont, et Luffy s'y précipite, mais Garp le détruit juste avant qu'il ne rejoigne son frère. Un combat entre grand-père et petit-fils est sur le point de débuter. Garp, censé être très largement supérieur à Luffy, repense alors à ses 2 petits enfants en train de grandir et s'amuser, et préfère finalement perdre la face que d'achever son petit-fils. Il se laisse alors frapper et tombe du pont. Luffy va à la rencontre de son frère pour le libérer de ses menottes, mais Kizaru envoie un rayon lumineux sur la clé et la brise. Mr 3, qui s'était déguisé en bourreau, et évanoui lorsque Luffy a utilisé son Haki, se réveille. L'Amiral en chef Sengoku, en colère, décide de tous les achever. Il utilise alors son pouvoir et grandit de manière démesurée, puis les attaque mais Luffy utilise un Giant Fuusen pour le contrer. Sous une telle pression, la plate-forme s'effondre, et les trois hors-la-loi tombent dans le vide. Dans les airs, Mr 3 confectionne une clé qu'il transmet à Luffy, qui libère Ace. Les marines ouvrent le feu sur la plateforme qui bascule dans le vide. Ace, Luffy et Mr 3 sortent indemnes de l'explosion.

Ace, libre, peut maintenant participer à la bataille. Accompagné de Luffy, ils forment un excellent duo, et battent de nombreux soldats de la marine. Sengoku et Akainu ne semblent pas enclins à les laisser s'échapper. Mais Squardo fait son retour, et, aux commandes du navire à aube, avance sur la place et attaque la Marine. Il semble prêt à se sacrifier pour se racheter, mais Barbe Blanche stoppe le navire, et donne son dernier ordre en tant que Capitaine : il ordonne à tous les pirates de rentrer sains et saufs dans le Nouveau Monde. Puis, il lance ses dernières forces dans la bataille pour retenir les marines afin de leur permettre de s'échapper.

Les pirates s'échappent mais Akainu insulte Barbe Blanche, ce qui provoque la colère d'Ace. Il attaque alors Akainu, mais le pouvoir de ce dernier se révèle bien supérieur à celui d'Ace (la lave d'Akainu est supérieure au feu d'Ace). C'est alors que l'Amiral se jette sur Luffy, Ace s'interpose et se fait transpercer par le poing de Akainu. La Carte Vitale de Ace se consume presque d'un seul coup. S'ensuit un passage très émouvant où Ace remercie tous les pirates de Barbe Blanche et Luffy de l'avoir aimé malgré son père, puis il meurt dans les bras de Luffy, qui se met à hurler la tête vers le ciel, les yeux sans pupilles d'un blanc opaque. Pendant ce temps, Marco et Vista attaquent férocement Akainu, au grand agacement de l'Amiral de lave.

Luffy a perdu conscience, Akainu profite de la situation pour l'attaquer, mais Marco le bloque pendant que Jinbei écarte Luffy. Barbe Blanche qui observait la situation attaque Akainu sans prononcer le moindre mot. Akainu riposte en détruisant la moitié du visage de barbe Blanche, mais il est très vite battu après deux attaques de ce dernier. Le deuxième coups cause des dégâts sur l'île entière qui est coupée en deux. Les pirates de l'équipage de Barbe Noire font alors leur apparition derrière Marine Ford. Il semble qu'ils observaient toute la scène depuis le début. Il débarque avec son équipage et quatre autres prisonniers très connus en plus de Shiryu. Barbe Noire annonce alors qu'il est content d'arriver à temps pour voir son père mourir. Alors que Barbe Blanche domine l'affrontement contre son ancien mousse, les anciens prisonniers l'attaquent ensemble. Le héros meurt debout, en annonçant à tous l'existence du One Piece et croyant à la volonté du D.

Barbe Noire en profite alors pour "voler" le fruit Gura Gura de Barbe Blanche, pour ensuite entamer les hostilités avec la marine. Cette dernière dont les trois amiraux poursuit l'équipage de Barbe Blanche défait. Kobby s'attirera les foudres de Akainu en dénonçant le massacre gratuit. Il sera sauvé par Shanks qui mettra ensuite fin à la guerre. Ce dernier réclame les corps des défunts pour leur offrir des funérailles dignes.